Vznik kláštera je opředen legendou, podle níž na jeho dnešním místě stálo městské popraviště. Na něm měl být oběšen šlechtic, který se vzepřel panovníkovi, a cestou na popraviště prosil skrz své svaté pomocníky Boha o odpuštění. Zachránilo mu to život - přestože visel na šibenici tři dni a tři noci, nezemřel. Byl proto osvobozen a město na tomto místě postavilo kapli Čtrnácti svatých pomocníků.

Františkánský klášter byl založen rodem Lobkoviců v 15. století. Z té doby pochází jedinečný soubor pozdně gotických a renesančních náhrobků rodiny Lobkoviců v klášterním kostele. V následujících stoletích proběhly barokní i rokokové úpravy. Po zrušení kláštera byly prostory využity jako archiv a depozitáře okresního a městského muzea se sbírkou oltářů.